Все входы в пещеры, судя по разговорам очевидцев, как правило, имели вид колодцев и уходили сначала вглубь, а потом в стороны.
Ходы были выложены кирпичным сводом, либо, где позволяла горная порода, кладки не было. 

Точкой отсчета стало место, где когда-то находилась церковь на пещерах.
Начинали с расспросов местных жителей – кто, что знает. Как выяснилось позже, надуманных историй собралось больше, чем реально произошедших. Достоверные из них, как правило передавались из уст в уста своим родственникам. Позже подтвердились, или пока нет, в силу невозможности проверить, истории, записанные со слов бывших работников колонии.
Вот некоторые из них, рассказанные разными людьми. Поскольку документально в экспедиции фиксировалось только на фотопленку и не более, сейчас трудно вспомнить фамилии...
– Когда строили двухэтажные дома рядом с колонией один  из входов (или выходов) оказался под первой из выстроенных.
– На территории колонии существует несколько ходов. Один из них открылся интересным образом – когда устанавливали металлорежущий станок. Потребовалось заливать фундамент. Земля под тяжестью провалилась. Образовалась яма и открылся ход, через который, якобы, был совершен один побег.
– В начале ходов своды были каменные, дальше шел просто обтесанный пещаник. Я сам мальчишкой лазил и это видел своими глазами. Помню, что было очень темно, страшно и трудно дышать...
К раскопкам приступили в июле. Первоначально было трудно определить с чего начинать – все было засыпано грунтом. Постепенно стал вырисовываться колодец с кирпичной кладкой диаметром около полутора метров. По оставшимся следам можно определить, что вглубь вела винтовая лестница. Найдены дубовые ступени, стертые от времени ногами. В некоторых обнаружили кованные гвозди. Когда шахта достигла высоты 3-этажного дома в стороны стали отходить тоннели. На этом уровне их пять. Один (назовем условно) из них уходит в гору на север, другой в сторону колонии, третий из ходов в сторону города, по словам бузулукского экстрасенса он ведет к склепам.

Из воспоминаний, озвученных для экспедиции:
– Чудом было для прихожан, когда они шли в часовню после молебна (имеется в виду Церковь на пещерах). Монахи прихожан уже ждали наверху у колодца, несмотря на то, что уходили последними. По предположению они пользовались ходом, ведущим к часовне.
Неподалеку, в Атаманской горе, был найден еще один ход. Так называемая Разбойничья пещера.
Чтобы в нее попасть нужно проползти метра четыре. Из за размеров в нее пролезет не каждый. (Может «потолок» и был когда-то высоким, со временем грунт засыпает проход). Дальше открывается свод. За ним все обрушено. Предположительно раньше здесь был скит монахов. Во время гражданской войны соорудили подобие блиндажа. Говорят, что именно здесь нашли карабин и патроны тех времен.
Что касается многочисленных родников, бьющих в этом районе и водяных пластов то они значительно ниже вырытых ходов и препятствоать или заполнять их не могли.
Слухи со временем обрастают легендами. И вот одна из них. Во времена холодной войны (для тех, кто родился позже расшифруем - гонка вооружения) из пещер хотели сделать бомбоубежище катакомбного типа. Да что-то передумали.
Закончилась экспедиция очень банально. После недельной плодотворной работы место раскопок посетил один бузулучанин (не будем сейчас называть его фамилию). И заявил, что все это делается с целью обогащения. У школьников после такого заявления «опустились руки».
Приехав на это место еще через неделю ребята увидели шахту вновь частично засыпанной.